En el Área hay dos orobiomas correspondientes al medio y al alto del bosque húmedo, presenta coberturas de ecosistemas de páramos, subpáramos y bosque altoandino, especies de fauna y flora, muchas de las cuales dependen estrictamente de este ecosistema para su supervivencia; el área abastece acueductos veredales y comunales, así como varios afluentes de la Subcuenca de la Quebrada la Honda o Grande, Río Salitre y las Cuencas de los Ríos Chicamocha Alto.
En el Lago Sochagota y sectores aledaños han existido factores que deterioran el medio ambiente, tales como el uso incontrolado de la riqueza hidrogeológicotermal, degradación del suelo, fenómenos de erosión, tala de bosques, vertimientos de aguas negras y termales y algunas actividades de pesca.